A vízhálózatot rendszeresen ellenőrzik laboratóriumi vizsgálatokkal, és a helyreállítás során minden szükséges intézkedést megtesznek. Ha a víz minősége változik, a hatóságok azonnal tájékoztatják a lakosságot. Müller Cecília, az országos tisztifőorvos is hangsúlyozta az árvíz utáni fertőtlenítés fontosságát. Elmondta, hogy a közterületek fertőtlenítését a közútkezelők végzik, míg a helyi területek tisztításáról az önkormányzatok gondoskodnak. Az árvíz által érintett településeken különös figyelmet kell fordítani a vízhálózat tisztaságára és a lakosság biztonságára.
Több településen is problémát okoz a szennyezett ivóvíz, ezért a hatóságok gyors intézkedéseket hoztak. Az érintett helyszíneken lajtoskocsikból biztosítják az ivóvizet, és a lakosoknak javasolják a palackozott víz fogyasztását, különösen a gyerekek esetében.
